Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam có quá trình hoạt động lâu dài. Trước thời điểm năm 2005, tiền thân là Đoàn cơ sở Bảo đảm an toàn hàng hải khu vực IV trực thuộc Đoàn thanh niên Bảo đảm an toàn hàng hải Việt Nam tại Hải Phòng.
Từ năm 2005, Công ty Bảo đảm an toàn hàng hải khu vực II được thành lập trên cơ sở của Bảo đảm an toàn hàng hải khu vực IV. Cũng theo đó, Đoàn cơ sở Bảo đảm an toàn hàng hải khu vực IV được chuyển đổi thành Đoàn cơ sở Công ty Bảo đảm an toàn hàng hải II (tiền thân của Đoàn thanh niên Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam hiện nay).
Đoàn cơ sở Công ty Bảo đảm an toàn hàng hải II được thành lập theo Quyết định số 361/QĐ.ĐTN ngày 23/9/2005 của Ban thường vụ Đoàn TNCS Hồ Chí Minh tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu. Ban đầu Đoàn cơ sở có 330 đoàn viên thanh niên tham gia sinh hoạt tại 07 Chi đoàn trực thuộc.
Tháng 5/2010, Công ty Bảo đảm an toàn hàng hải II được đổi tên thành Công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam, theo đó Đoàn cơ sở Công ty Bảo đảm an toàn hàng hải II được đổi tên thành Đoàn cơ sở Công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam.
Ngày 27/5/2011, được sự đồng ý của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Giao thông vận tải đã ban hành quyết định số 1099/QĐ-BGTVT, chính thức thành lập Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam. Theo đó, Đoàn cơ sở Công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam được đổi tên thành Đoàn cơ sở Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam với 450 đoàn viên tham gia sinh hoạt tại 10 Chi đoàn trực thuộc.
Ngày 14/1/2013, Ban Thường vụ Tỉnh Đoàn Bà Rịa – Vũng Tàu đã ban hành quyết định số 35/QĐ.ĐTN chính thức nâng cấp Đoàn cơ sở Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam lên Đoàn tương đương cấp huyện trực thuộc Tỉnh Đoàn Bà Rịa – Vũng Tàu với 547 đoàn viên sinh hoạt tại 12 cơ sở Đoàn trực thuộc (06 Đoàn cơ sở và 06 Chi đoàn cơ sở). Tính đến tháng 12/2016, Đoàn Thanh niên Tổng công ty có 503 Đoàn viên, trong đó 88 đoàn viên nữ, 415 đoàn viên nam.
Do đặc thù công tác, địa bàn hoạt động của Tổng công ty trải dài nên công tác tập hợp Đoàn viên và triển khai phong trào có một số khó khăn nhất định. Tuy nhiên Ban chấp hành Đoàn thanh niên Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam luôn theo sát mọi hoạt động của các cơ sở Đoàn trực thuộc, tiếp tục duy trì sự phát triển mạnh mẽ về chất lượng công tác Đoàn và phong trào thanh niên. Công tác giáo dục chính trị tư tưởng cho các Đoàn viên thanh niên luôn được chú trọng, công tác chuyên môn thu được những thành tích lớn, góp phần vào thắng lợi chung của Tổng công ty, công tác Đoàn tham gia xây dựng Đảng đạt được hiệu quả nhất định. Số Đoàn viên được giới thiệu vào Đảng và số Đoàn viên được bước vào hàng ngũ của Đảng ở mức cao (tính đến 30/6/2015, có 115 đoàn viên thanh niên ưu tú được vinh dự đứng vào hàng ngũ của Đảng). Các hoạt động phong trào dần mang tính chiều sâu và mang lại hiệu quả thiết thực trong Đoàn viên thanh niên, tạo sự đoàn kết, gắn bó giữa đoàn viên thanh niên của Tổng công ty cũng như với các đơn vị Đoàn bạn.
Trong 6 năm qua (từ năm 2009 đến năm 2014), Đoàn thanh niên Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam (BĐATHH MN) luôn tích cực tham gia đầy đủ các hoạt động do Tỉnh Đoàn Bà Rịa – Vũng Tàu phát động, là một trong những đơn vị xuất sắc dẫn đầu trong công tác Đoàn và phong trào thanh niên của Tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu.
Tháng 10/2014, Đoàn Tổng công ty vinh dự nhận được bằng khen do Thủ tướng Chính phủ trao tặng vì đã có thành tích xuất sắc, góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.