Tổng công ty có 05 đơn vị hoa tiêu hàng hải tại các khu vực Bình Định, Khánh Hòa, TP. Hồ Chí Minh, Cần Thơ và Bà Rịa – Vũng Tàu, đảm nhận công tác cung ứng dịch vụ dẫn dắt tàu biển trong vùng hoa tiêu hàng hải bắt buộc hoặc tuyến dẫn tàu được giao. Từ khi thành lập đến nay, các Công ty hoa tiêu đã không ngừng lớn mạnh về mọi mặt. Hiện nay, đội ngũ hoa tiêu hàng hải miền Nam đã có hơn 100 hoa tiêu các hạng, trong đó có trên 50 hoa tiêu ngoại hạng, dày dạn kinh nghiệm, vững vàng dẫn dắt tàu biển ra vào vùng nước thuộc trách nhiệm quản lý, đội ngũ hoa tiêu ngày càng tạo dựng được niềm tin, tạo tiền đề cho lượng tàu biển trong và ngoài nước ra vào các hệ thống cảng trên địa bàn tăng đáng kể.
Đặc biệt, không ít hoa tiêu đã khẳng định bản lĩnh khi thực hiện xuất sắc nhiệm vụ dẫn dắt tàu biển ra vào các tuyến luồng nhiều khúc quanh, chướng ngại, mật độ tàu thuyền dày đặc, hoặc ngay trong đêm tối, trong điều kiện thời tiết có mưa bão. Công ty hoa tiêu hàng hải khu vực I – TP. Hồ Chí Minh là đơn vị lai dắt thành công 4 đốt hầm Thủ Thiêm, một công trình hầm trọng điểm vượt sông Sài Gòn, góp phần to lớn vào sự phát triển kinh tế của TP. Hồ Chí Minh và các tỉnh phía Nam.